collagen, type XI, alpha 1 (COL11A1) - 6414 nt intron 42 reference sequence

(intronic numbering for coding DNA Reference Sequence)


         .         .         .         .         .         .  g.166708
gtaagtaatgtctaggagaaaatatattatgctgctaccctgtacacgttattacttttt  c.3312+60

         .         .         .         .         .         .  g.166768
attcaataatattagcttttcatacaccaccgtattctctctgcatatgtgtctggcatg  c.3312+120

         .         .         .         .         .         .  g.166828
taaataccctggctcgtatatgtataatagagaaaatttcaaattcaattaaatgagatg  c.3312+180

         .         .         .         .         .         .  g.166888
acattttcccacactttatgaaaccgtaatacctgtgagggagttggatattattaatgt  c.3312+240

         .         .         .         .         .         .  g.166948
aaaaggcttttcattttgctttttttaaaaaaaaaaagttgtgagttttttattgaagct  c.3312+300

         .         .         .         .         .         .  g.167008
ataccttgctgctttacattagaaaagtgtgaactttttacacctcttgtaatacaaatt  c.3312+360

         .         .         .         .         .         .  g.167068
caatttcaagcatttccatagtctgtaaataagactcatagaaaatagctgcccttctca  c.3312+420

         .         .         .         .         .         .  g.167128
tgtaatctgagctccgatcgccagtgagtgagacagggaacatctcactaattatttcat  c.3312+480

         .         .         .         .         .         .  g.167188
ctaatatctattggattttaacattttttgggggggggtttattatactttaagttttag  c.3312+540

         .         .         .         .         .         .  g.167248
ggtacatgtccacaatgtgcaggttagttacatatgtatacatgtgccatgctggtgtgc  c.3312+600

         .         .         .         .         .         .  g.167308
tgcacccattaactcgtcatttagcattaggtatatctcctaatgctatccctcccccct  c.3312+660

         .         .         .         .         .         .  g.167368
ccccccaccccacaacagtccccagagtgtcatgttctccttcctgtgtccatgtgttct  c.3312+720

         .         .         .         .         .         .  g.167428
cattgttcagttcccatctatgagtgagaacatctggtgtttggttttttgtccttgcga  c.3312+780

         .         .         .         .         .         .  g.167488
tagtttactgagaatgatgatttccaatttcatccatgtccctacaaaggacatgaactc  c.3312+840

         .         .         .         .         .         .  g.167548
atcattttttatggctgcatagtattccatggtgtatgtgtgccacattttcttaatcca  c.3312+900

         .         .         .         .         .         .  g.167608
gtctatcattgttggacatttgggttggttccaagtctttgctattgtgaatagtgccgc  c.3312+960

         .         .         .         .         .         .  g.167668
aataaacatacgtgtgcatgtgtctttatggcagcatgatttatagtcctttgggtatat  c.3312+1020

         .         .         .         .         .         .  g.167728
actcagtttatatttacatgactatggactattccactcattatgtttaggtttctttgt  c.3312+1080

         .         .         .         .         .         .  g.167788
taagatttcttctctattttttttcctgcttttgatatgattgtattttttaaaaatgat  c.3312+1140

         .         .         .         .         .         .  g.167848
tctctcttcctacaagattaaaacacaaactgtttcagtaaatgtagataaaaagtattg  c.3312+1200

         .         .         .         .         .         .  g.167908
gctctgatacacaaaaatataagttgaatatttttgtatactggtaagtattgatatata  c.3312+1260

         .         .         .         .         .         .  g.167968
aaattaagcttaagcttatattcaaaaatactcctctatcactaagacttcagttttatc  c.3312+1320

         .         .         .         .         .         .  g.168028
aagttgatttgctttcattgtctatgcattttctctgattattctgtgatattattccaa  c.3312+1380

         .         .         .         .         .         .  g.168088
tatttctgtttgagaccattttgtgcagttataacagaataccacagactgggtaattta  c.3312+1440

         .         .         .         .         .         .  g.168148
taatgaacaaaaatatattggctcatggtgctggtggatggaaagtccaagatagtgggg  c.3312+1500

         .         .         .         .         .         .  g.168208
ccacatctggtaaagaacttcttggcacatcatcccatggtagatggagaaagacagggc  c.3312+1560

         .         .         .         .         .         .  g.168268
tagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagtaaaaagaaaacaaattcc  c.3312+1620

         .         .         .         .         .         .  g.168328
ctttgttttaatgaacccactaatgcaataacggcattaattaatttcattttgccctca  c.3312+1680

         .         .         .         .         .         .  g.168388
tggcctaatcagctttcattaggccctactcccccacactgttgcactgggaattaagtt  c.3312+1740

         .         .         .         .         .         .  g.168448
tccaaaagatgtttttttggtgacacattcaaactgtagcaaataaaaaaaaaatgtttt  c.3312+1800

         .         .         .         .         .         .  g.168508
ctgtaatccattacctttcagaaagagttagaatgttggaatgggccatgccacctgtgg  c.3312+1860

         .         .         .         .         .         .  g.168568
atagaacttttaggtgacagaaaaagcacttttaatatgctgagaaaatatattttatag  c.3312+1920

         .         .         .         .         .         .  g.168628
tgtactgtgtactaggagaagatagaaaatagattcagttcctttaatacaaattaatta  c.3312+1980

         .         .         .         .         .         .  g.168688
aaaaatatagggaacacatattttgcacaatacactaaataatgcatacagagaaaatag  c.3312+2040

         .         .         .         .         .         .  g.168748
acataaattgctttgtatacaaattgagaatatactaattagataagtcaatatttctgt  c.3312+2100

         .         .         .         .         .         .  g.168808
gaagataatatattgaatggtagattttaaagtggataaaaaccttagatttatgaagaa  c.3312+2160

         .         .         .         .         .         .  g.168868
taagtaagttattgaaataaagatcagaatatcaaaaaacattgaaaccgataagaaatt  c.3312+2220

         .         .         .         .         .         .  g.168928
aattaggtgagacagatgaaaaattattgacattagcctttgtaagagccaggattcagg  c.3312+2280

         .         .         .         .         .         .  g.168988
cctgagttttgttggtaattagtgatatcataactagagaagggaaaagggaatgccttg  c.3312+2340

         .         .         .         .         .         .  g.169048
cttccccatcctctttcagttatcccagccaaggacaacaactccagcatgctcattcca  c.3312+2400

         .         .         .         .         .         .  g.169108
ttttctattagccaaaattagctatttagaataactaaggggtaggcactgtattgttag  c.3312+2460

         .         .         .         .         .         .  g.169168
cattatacttttgaaggagctgtctgcttagggacagtaacataaagtgggtaataagag  c.3312+2520

         .         .         .         .         .         .  g.169228
tgttcagtgaaaggagttatagatatccattcagaagtttaataaaaactgatgaaaatg  c.3312+2580

         .         .         .         .         .         .  g.169288
ttgggcaaaatgttatatctagactttacttcttcctcttttcaaatataaattttagat  c.3312+2640

         .         .         .         .         .         .  g.169348
cttacctctgctgagcagcttatcttataaaaatgttatgcagttatcagcaggtttaca  c.3312+2700

         .         .         .         .         .         .  g.169408
tttgcattaaaagaaaggcaagatgtgacctgtggaagacaagcccttggtctacctacc  c.3312+2760

         .         .         .         .         .         .  g.169468
catcaaccctgcttcctagaatggagaaatgtcctaattagcatccctatattattaatc  c.3312+2820

         .         .         .         .         .         .  g.169528
agttagattagaaactctaggaggtgagtctggaaagcaggtaagaagaaaggggctaaa  c.3312+2880

         .         .         .         .         .         .  g.169588
accttctccaatttaatttcattgatagaaaattttgatagggaaactgattctaatgaa  c.3312+2940

         .         .         .         .         .         .  g.169648
aactattagttactggatgcaaagattacagagaagaagtgattttaactatgcatctat  c.3312+3000

         .         .         .         .         .         .  g.169708
ttggggacagttgtagaaattggggggaagagctagatctaaaacacagtgaagtcaatg  c.3312+3060

         .         .         .         .         .         .  g.169768
cactaactataactgaattaggcaatagcagtttgaaattttaggaaaagtattcttcaa  c.3312+3120

         .         .         .         .         .         .  g.169828
atacttatttacaatttctagcatgtatgtgtgtataattgcagagaaaataatcagtgc  c.3312+3180

         .         .         g.169855
cagaattgtaagtctgggagtcattta  c.3312+3207

--------------------- middle of intron ---------------------
                    g.169856            .         .           g.169882
                    c.3313-3207  aaataagagtgatgtttaaaagcatat  c.3313-3181

.         .         .         .         .         .           g.169942
ttttggattaccacgtgatgtagtgttgagagaaaacagaagcctggactcaagtcttaa  c.3313-3121

.         .         .         .         .         .           g.170002
tggagaattataatgggtgtaagttctgaaagcatctaataagagagaaaaatagtccat  c.3313-3061

.         .         .         .         .         .           g.170062
gaggttgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtat  c.3313-3001

.         .         .         .         .         .           g.170122
ctccagaggcatgccatcaaacagaacaagacataaacaagttcccttttgtgggatgta  c.3313-2941

.         .         .         .         .         .           g.170182
aaagatcgagaatactgaaatccgaaagacaaagaaataaagagactgggattttacctg  c.3313-2881

.         .         .         .         .         .           g.170242
ctgggtatttatacctttagattaattctaaattgattcaaaaagaaaaaaaatggacta  c.3313-2821

.         .         .         .         .         .           g.170302
tagaggagtggagtagggacatgtaaatcacctcaagcagggcatggaacccatagaaaa  c.3313-2761

.         .         .         .         .         .           g.170362
atgagccataggtggaagtactaataagattgaatgcgttgcctcattattattattatg  c.3313-2701

.         .         .         .         .         .           g.170422
tggtgcatatatttatctactttatcaataataagaaaatagtcagtggaaaagttaagg  c.3313-2641

.         .         .         .         .         .           g.170482
agttaaggaaatgagagtagactcaagttgcctgcttgaagacaaccagaagtgggttgg  c.3313-2581

.         .         .         .         .         .           g.170542
gagctacccctatcatttatttagttcatgattttggttaagttatttaaaatcaaaacc  c.3313-2521

.         .         .         .         .         .           g.170602
tctgttttctcaactctgaaaagaagatggccatctctgaaaagaagataatcacagtat  c.3313-2461

.         .         .         .         .         .           g.170662
tttgtgaggactagataaaattatagttctaaatcatttttcagaattgtgataagttgt  c.3313-2401

.         .         .         .         .         .           g.170722
gagaagtgttcagaataatcattactattagtagtagtattatcattaccatcagtgtgt  c.3313-2341

.         .         .         .         .         .           g.170782
gaatcagagtgccataaaaaaggatgaaataataaactgagaatgaatacacaaatgagc  c.3313-2281

.         .         .         .         .         .           g.170842
ttttgaggaaggagtgatggattttgtgaattgtaataaaagttgtgggtgtgagtatag  c.3313-2221

.         .         .         .         .         .           g.170902
gttaaatataagaccatgccaaatcaaacaaaagacatggggatgtttagctaattctat  c.3313-2161

.         .         .         .         .         .           g.170962
cattttttaaggaaagatttagttattaacgtaaatggaatgttagaagtggtgaaataa  c.3313-2101

.         .         .         .         .         .           g.171022
agaacggttacaaggagagatgaatgtttccagtagttgtgcagattgtgggccaagaga  c.3313-2041

.         .         .         .         .         .           g.171082
tacataatggaggaagagttatgtcatcttgaggaattataaatggctaatataaattta  c.3313-1981

.         .         .         .         .         .           g.171142
gagtgctgtagatctgttgaatttctcccaacatcacacagaccagggtcagaagaaatg  c.3313-1921

.         .         .         .         .         .           g.171202
aatggcaagtgattcctggctagagattatgtgtactataatgaaggcagaagagaatat  c.3313-1861

.         .         .         .         .         .           g.171262
atctgccttatttacaggaaaccttatacaaaaggattgacttttagagtttaaggctag  c.3313-1801

.         .         .         .         .         .           g.171322
caagggaattcaaattaaggggaactatctgaatcaactattgtatttaatatagtgaag  c.3313-1741

.         .         .         .         .         .           g.171382
tttactgtgaatagcacagcacatcctatgagtattgatagatttgaaatatcatattta  c.3313-1681

.         .         .         .         .         .           g.171442
tttgaagaagataaaaggtctccagagtgacatcaggggcatccttcttataataattat  c.3313-1621

.         .         .         .         .         .           g.171502
ggcatccttttgaaaaacaagaacatatgaaacccaggcaagtaataaattagttaacaa  c.3313-1561

.         .         .         .         .         .           g.171562
tttaattttgccttattaatgttgttacttttgttgtcattaattaagtaatgtagcaac  c.3313-1501

.         .         .         .         .         .           g.171622
agttccttaagtgactactctggtccacaggccagagatatataatagaatgcaaaatca  c.3313-1441

.         .         .         .         .         .           g.171682
gacacaattcctaccctcacatagtttattatctgatagggcaatttgataatatgcaaa  c.3313-1381

.         .         .         .         .         .           g.171742
gaatcactaaatacatatataatggcaaactcaggttactcatatgaatggaatgtaata  c.3313-1321

.         .         .         .         .         .           g.171802
gtgtatgtcagattatagtagagagacctgctagaattggggactttccttggacaaggc  c.3313-1261

.         .         .         .         .         .           g.171862
attgatggtgagatgtaaaagatgagaaggaattaactatgcaaagagttctcatagggg  c.3313-1201

.         .         .         .         .         .           g.171922
cattccaggccagaggaaaaaaatgtgctcaggcaatgtcacaggaatggacatggcatc  c.3313-1141

.         .         .         .         .         .           g.171982
agatttaagggactgagaaaaatgtctagaagggttggaatgcagagagcaagggttagg  c.3313-1081

.         .         .         .         .         .           g.172042
ggaggctagatgtgtttgggcaggtagcaggagctagatcatggtaggctgccctaagcc  c.3313-1021

.         .         .         .         .         .           g.172102
atgaagtctttatctgaggaaaagtaaacaagtaaattgacctaagaatgtaggtaacat  c.3313-961

.         .         .         .         .         .           g.172162
gatctgattggctttctggatgcagtgtgatgaatagattggaaggaagtaagaatacgt  c.3313-901

.         .         .         .         .         .           g.172222
atggggaaaggcaggaggtttttttcagtagctcagaacaaggataccagtattatagag  c.3313-841

.         .         .         .         .         .           g.172282
taaggtgtcagtgatggagataaagtcaatatattcaagagataattaggagataaaatg  c.3313-781

.         .         .         .         .         .           g.172342
tctaaaactaagtcattttaaaggagcaggagatgttaagggaagtgagggaaagtgggg  c.3313-721

.         .         .         .         .         .           g.172402
taatgaaaaggcaaaacctaatgacttgtagattcccagcttgtataacagaaggacaga  c.3313-661

.         .         .         .         .         .           g.172462
aaggacctctgaatgcaatcaaaaatattatcttgtgcaaaactgatgaaattttgactc  c.3313-601

.         .         .         .         .         .           g.172522
ttagaaaataatttattttaaattacaaaaatatattttatcggaaacagaagttgagtt  c.3313-541

.         .         .         .         .         .           g.172582
cattatcaaggcacttttaaaaaattacacagtataggtaaatttaaacatgaaaataat  c.3313-481

.         .         .         .         .         .           g.172642
gccatttttaaaaaccaggagaaccaaaacaaacacttaaaaataagaaagttacatatg  c.3313-421

.         .         .         .         .         .           g.172702
aaacatataaagcatatggcaaagttggacatatgagcaactgcattttttgatttctaa  c.3313-361

.         .         .         .         .         .           g.172762
agcctaatacccattgcacagctatgccagtggcactaaggaaggggagaagaggctcag  c.3313-301

.         .         .         .         .         .           g.172822
caaagttttgcaaatgtaagaaatctgatttgtcaatatataataattgcatgtttgaaa  c.3313-241

.         .         .         .         .         .           g.172882
gaaaaattctaagttgggtcctaattatttttgtgtatcatagcctaagatttataagtg  c.3313-181

.         .         .         .         .         .           g.172942
atttaaaaaaatagtattcttagtcacaaatgaaggtagggaacatgtatcatttattct  c.3313-121

.         .         .         .         .         .           g.173002
ttaaaatgtttttctaaaaaacattaaacaatatccttgtcaaatatagaagctagatta  c.3313-61

.         .         .         .         .         .           g.173062
ttactcttgtagctgcacttcaaaactgtaaaattaatgatctttggatattcaatacag  c.3313-1


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