collagen, type IX, alpha 1 (COL9A1) - 5479 nt intron 04 reference sequence

(intronic numbering for coding DNA Reference Sequence)


         .         .         .         .         .         .  g.8101
gtaatctatcaaaaatattttaatctaattatctgactcaaatgcattaaaaatggatag  c.299+60

         .         .         .         .         .         .  g.8161
ctatccaatgttagagttttcttatgatcaatgtttcttggattataattgtatttaaag  c.299+120

         .         .         .         .         .         .  g.8221
atgaagaaatttatttacctgcctatcttcagtaccttaatactgcatttcatgttttca  c.299+180

         .         .         .         .         .         .  g.8281
gtatgtaatttactttccattccaggaaaaagcatcactgagactattatacattgattc  c.299+240

         .         .         .         .         .         .  g.8341
aggacatgttcttattaccttgctttctgtttttctataatttgtctggttttgactgaa  c.299+300

         .         .         .         .         .         .  g.8401
aggaccctctgtgaaaagtgccagagggtaagcataaatttaactaggagccacagagtg  c.299+360

         .         .         .         .         .         .  g.8461
gttagaagactcacaatggtgctgttcaagtgtcctggtgctgaaatggagccacacgtc  c.299+420

         .         .         .         .         .         .  g.8521
cactgcttggcttctggcagacatcaaaccaaagcaaaactaaaataattataatagaaa  c.299+480

         .         .         .         .         .         .  g.8581
caatgatagtaatactaacgacatcaaatcctccacttcactgatttctttctctggaac  c.299+540

         .         .         .         .         .         .  g.8641
taagccttttgctctttatttaaaactgaggtactttagtgtgtaagtgttgagtcctgt  c.299+600

         .         .         .         .         .         .  g.8701
catcattatgaatgaatctcagcaatttagttttgatatcacctaaataccttatttatg  c.299+660

         .         .         .         .         .         .  g.8761
attatgataattattatatgctttagcacactataaaaaaactagaattaaaattccttt  c.299+720

         .         .         .         .         .         .  g.8821
agtagataaatgagacaattaggacttcaatagaaattaagttataaagataaataatga  c.299+780

         .         .         .         .         .         .  g.8881
ttaattagaacaataagataatatagaaactcaatgtatataaaaataaaaattttgaac  c.299+840

         .         .         .         .         .         .  g.8941
aaattagaagaatctgatataatagtaccagattacagctagaaattcatattttgaacc  c.299+900

         .         .         .         .         .         .  g.9001
tactatatattattgtataatacaacaatagtacattatatgagctctttctataaattt  c.299+960

         .         .         .         .         .         .  g.9061
actaattaacattaatttcattctcatcacaaccctgtgatatagggtcattattaacct  c.299+1020

         .         .         .         .         .         .  g.9121
tttttttcttaaatcagggatccccaaaagtttaatttacttgcataaggtgagtgggtt  c.299+1080

         .         .         .         .         .         .  g.9181
ggaatgtgctggaaggactgaatcccaggcagaatggttgcaaaggttttacttctaacc  c.299+1140

         .         .         .         .         .         .  g.9241
actactccatactgactctggaaaaccattcacatctggaaagattaaaaccatgataac  c.299+1200

         .         .         .         .         .         .  g.9301
agtgaattcacttttttttcctcataatttcttttcatgtatggaagtgccagtcgtgtt  c.299+1260

         .         .         .         .         .         .  g.9361
gctaaataagctttaaaaattcagttttttctttcttaaataattaagcaaaacatgagg  c.299+1320

         .         .         .         .         .         .  g.9421
tcctcagtgctgacctgattttctcttctaaggtttgaggtactgtcattaactcttaag  c.299+1380

         .         .         .         .         .         .  g.9481
ttcagagattgattaatttgatgccacgtggcttccttacctcctgctcatcttcgttgt  c.299+1440

         .         .         .         .         .         .  g.9541
tgtctagagctgtcactaaataatgtacccaggctatatttaatgtctcacatttgctac  c.299+1500

         .         .         .         .         .         .  g.9601
ccttgactccctgcccccataaggactaaaaaatcttgttttactgtcaaggcttgttaa  c.299+1560

         .         .         .         .         .         .  g.9661
aagataaggaaagaaggaggaagaaattaggaaaagaaagtaggagaataaaaagagaag  c.299+1620

         .         .         .         .         .         .  g.9721
gaggaaagttagagactcagacatgtggaattccaagtaaacagtaaagtttattcttgg  c.299+1680

         .         .         .         .         .         .  g.9781
gaaagtacttagactatctttacttcagttccctcagtttaaaattaggaatagtaactc  c.299+1740

         .         .         .         .         .         .  g.9841
tgtcatgaggttgctatgtagagtaggtgttcataactggagagtgcttcaagagcccag  c.299+1800

         .         .         .         .         .         .  g.9901
tccacactggtattgggtaagtgtttattattagtggtgaagagcactagaaggagaaaa  c.299+1860

         .         .         .         .         .         .  g.9961
tgcatgtatatgaaagtcttttctccttagaggatcctttctttataatctgcctcccaa  c.299+1920

         .         .         .         .         .         .  g.10021
gtcctgccaattcaaaagctggttgacaaggagactagggatgggaattgctctcggcca  c.299+1980

         .         .         .         .         .         .  g.10081
tacgaggtgtagacaatgttcctataaagggactttctgtgctacagaacataggctctg  c.299+2040

         .         .         .         .         .         .  g.10141
agacagtgaaagaaactattagcaggatctttgtgggaggaaaatattacggtatatgga  c.299+2100

         .         .         .         .         .         .  g.10201
actaatgtgacagagtcacagtttatccttatttatcttttctattttttttttgaaaga  c.299+2160

         .         .         .         .         .         .  g.10261
cttaagagacacatactttttttttgctgttttttattccttattttaagcataatcgtt  c.299+2220

         .         .         .         .         .         .  g.10321
ttacactctcaactcccactaacaaacgtgttatgtttattttccttaaaaacacggtct  c.299+2280

         .         .         .         .         .         .  g.10381
tttttgggttaaggtcacaaacaaatgtttcaaggtccaaagactatttaatctttcatt  c.299+2340

         .         .         .         .         .         .  g.10441
caaacccttatgattcttcacttaaggtactctttgaaggctgtaatataataaaataaa  c.299+2400

         .         .         .         .         .         .  g.10501
tcatttatagatacagctccttttaaattatgtatgctgtcaagtttacttattgatgtg  c.299+2460

         .         .         .         .         .         .  g.10561
catagcatatttgcaagaaccgaatttcgggtattccaagaaaagacaatggagctgact  c.299+2520

         .         .         .         .         .         .  g.10621
gttctataaattagacttgtgagacttttaagtggtcttaggtatatacaactacatata  c.299+2580

         .         .         .         .         .         .  g.10681
tattttattagtatgaataccaaaataaattttctcttcttaccatattgactactatac  c.299+2640

         .         .         .         .         .         .  g.10741
tagcctagtttaaaggatcaaagatcaataacatgataatctaaattatttctacatata  c.299+2700

         .         .         .         .  g.10781
ttcacacacatatattatcttcatatatacggagagaaag  c.299+2740

--------------------- middle of intron ---------------------
         g.10782              .         .         .           g.10820
         c.300-2739  agacagctaccattagtttaacgatgtatctgtaattga  c.300-2701

.         .         .         .         .         .           g.10880
ggtattcatttagcaatctcaaacctaccctccatcattttaaattaattattttctttt  c.300-2641

.         .         .         .         .         .           g.10940
ttagtttttggcattacatacaccaagtcagagataaattaagacattatgttctttcct  c.300-2581

.         .         .         .         .         .           g.11000
acctttaacataatctcttcattgagtgggaaagattgaatgaaacacaaattgggagaa  c.300-2521

.         .         .         .         .         .           g.11060
ctccctcagttaacttcaggttgtattttcacaagagtcacctaaacacattactgtgac  c.300-2461

.         .         .         .         .         .           g.11120
ttccagaactgaaacaaaatagactttttaaaggaaactgattaaattctacagttttgc  c.300-2401

.         .         .         .         .         .           g.11180
tcagtatatctatagttgaagcctggaaaaataatgcttaaggaagagaagaagcagcat  c.300-2341

.         .         .         .         .         .           g.11240
tagatttttatcttccttttaaaaaatctcatgcttcaacaataactatcttggacaaaa  c.300-2281

.         .         .         .         .         .           g.11300
ataaaataaattatttaagcatctggttaaatccaaatcattaattaaaaataaaaatca  c.300-2221

.         .         .         .         .         .           g.11360
aaataatctatttataatttaaatggacacttgcccaatttcacaattgagtaaaacttt  c.300-2161

.         .         .         .         .         .           g.11420
gaaaatgtatctcccagctccaaatttattgaggtaagttaggtaagatgtacaaacttc  c.300-2101

.         .         .         .         .         .           g.11480
cataaggttttataattatacaataggcagtgcattttattgtgaatagtgaatcttagc  c.300-2041

.         .         .         .         .         .           g.11540
ttctcttctagaggttattccagaatagatataattctgaaaaatataaagtcaaagaaa  c.300-1981

.         .         .         .         .         .           g.11600
atatgacaaactgattgataaacaggaagtatattaaaaacaaatatctggagtcatgta  c.300-1921

.         .         .         .         .         .           g.11660
gtagacagtttcatatggggaaaataggtcagtcaatggttcttgtataatttttttctg  c.300-1861

.         .         .         .         .         .           g.11720
tagctccatattgaatattttaaaatgtacacttgagggatataaaacataggtagtgaa  c.300-1801

.         .         .         .         .         .           g.11780
ctgaaaactttgcagtaagattaatacatgtcaccagtgaaaaaaagatgtatggataaa  c.300-1741

.         .         .         .         .         .           g.11840
ataattcatcccataccctaaatacaaaccagtcatattacaaagtaatggttaaaaaaa  c.300-1681

.         .         .         .         .         .           g.11900
atacttctatgatgaaagagtattcagatgaaaagttaacctttttgttatctttagaaa  c.300-1621

.         .         .         .         .         .           g.11960
actaacaaagtgataaaatttgttgagatagttgacttattttattgagggcttgtaaaa  c.300-1561

.         .         .         .         .         .           g.12020
atatttgtataaaagaagttaaagatttgtttatgttgttataagacataataaagtttt  c.300-1501

.         .         .         .         .         .           g.12080
ataattaaaatcaaagtaaagatagaagatcttagcaaattaaagagggctacataacaa  c.300-1441

.         .         .         .         .         .           g.12140
gaatttgacttgaaggaaggttatttgggattctgggtcctggtccataactgttctcag  c.300-1381

.         .         .         .         .         .           g.12200
aaatataaaatttttattgtttagcacagaaaattcattagcatttagtttgcctagcat  c.300-1321

.         .         .         .         .         .           g.12260
ttcttccttgcttaggaatttttctacgcttagaaggagaaatgtaaaaagacataatgt  c.300-1261

.         .         .         .         .         .           g.12320
tcaagtccttgaaagatgatgcttacatttaacatgctgatttttaaagttcagtcttca  c.300-1201

.         .         .         .         .         .           g.12380
gcttttagcagcttggcttcagcaaaagaatatccaggtagctggtgcagctccagacca  c.300-1141

.         .         .         .         .         .           g.12440
cagtctctgtatagggtagagatgcctcagggacactactggttttattctgccatttaa  c.300-1081

.         .         .         .         .         .           g.12500
agcagtaaaggagttagcaatgatacagacttagttggcagattaaggaacaactgggcc  c.300-1021

.         .         .         .         .         .           g.12560
ggatgcagtagctcacacctgtaatcccagcactatgggagactgaggcaggaggatcac  c.300-961

.         .         .         .         .         .           g.12620
ctgaggtcaggagttcgagaccagcctgactgacatggcgaaacaccatctctactaaaa  c.300-901

.         .         .         .         .         .           g.12680
atacaaaaaattagccaggcataatggtgggcgcctgtaatcccacctacttggaaggct  c.300-841

.         .         .         .         .         .           g.12740
gaggcaggagaatcacttgaacccaggaggtggaggttgcagtgagctgagatggcgcca  c.300-781

.         .         .         .         .         .           g.12800
ttgcactccagcctgggcaacaaagtgagactccataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa  c.300-721

.         .         .         .         .         .           g.12860
aagaagcaacaacagagttgcagtagagaagtaagaattggtcacttttcccttgccaca  c.300-661

.         .         .         .         .         .           g.12920
tatccagtgtcaaactgctactttaacatcataatttgaactccctaaaaaaagacaaac  c.300-601

.         .         .         .         .         .           g.12980
atcctcagtgtgaagaagctcctgaagtcctcagttactggttctcaaaatacttatatg  c.300-541

.         .         .         .         .         .           g.13040
ggtctgggatataattgtggagtggaatacccaagcaattatggaaataacaaataatct  c.300-481

.         .         .         .         .         .           g.13100
taacatgctactttaaaataaaacaattagaagctgctagctgctttaattaaattgttt  c.300-421

.         .         .         .         .         .           g.13160
cataagctagtacagctgatttacattcctaatgatctcctctctcacttgtgaatgaaa  c.300-361

.         .         .         .         .         .           g.13220
tattgccaagaactttgcaagaatgtattttttggctgagatgaaattgctgaacagtag  c.300-301

.         .         .         .         .         .           g.13280
ctctttgggtagtataaatagtaatattgttgggattatgtggcattgggaaccttcctt  c.300-241

.         .         .         .         .         .           g.13340
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.         .         .         .         .         .           g.13400
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.         .         .         .         .         .           g.13460
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.         .         .         .         .         .           g.13520
gtaaatacatatgggtacaggaaacaagatgcatgtttactatttaaaaattttactcag  c.300-1


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