collagen, type IX, alpha 1 (COL9A1) - 3419 nt intron 18 reference sequence

(intronic numbering for coding DNA Reference Sequence)


         .         .         .         .         .         .  g.41427
gtaaggaaaatgggtatttagtggataaattgtgattaggagttattggtcactttcatt  c.1341+60

         .         .         .         .         .         .  g.41487
ataagaaattaggaattataggaaataatgaacctcgatattttaccattcttttttaaa  c.1341+120

         .         .         .         .         .         .  g.41547
taatgattgataagttctaagcagatgcatcaatatttgactaaatatcatattctgaag  c.1341+180

         .         .         .         .         .         .  g.41607
ttgttcatttacaataaaacacttacaaataaggcaccagacattttcatttttttctgt  c.1341+240

         .         .         .         .         .         .  g.41667
cactaccttttcttttcttttcaaatcaatcacactcagcttttttccttgatgctatga  c.1341+300

         .         .         .         .         .         .  g.41727
tagtccaacattattcagacggttgttccacttcaccagacaaaattttatgacatttgt  c.1341+360

         .         .         .         .         .         .  g.41787
aaaattttatgacaagtgttgctgagactagcaaacagagaagttggtaattggcttata  c.1341+420

         .         .         .         .         .         .  g.41847
gcttctcatctcaagttctgaaacaatttatctatttatttctgacctcatttcaatata  c.1341+480

         .         .         .         .         .         .  g.41907
acctagattctgagtaagctggaggttagtaataacttacgttattatctgcatagaaat  c.1341+540

         .         .         .         .         .         .  g.41967
agaatccacagcacaatttgcattgcagctggcatgccctgcagaaaaactaaggctggg  c.1341+600

         .         .         .         .         .         .  g.42027
atttaaagcaaggtaacatatttgccctcttttcatccactagtgtaagagtatctaaga  c.1341+660

         .         .         .         .         .         .  g.42087
atttgacttcctgcatagtaggttttctcttggtaaatttgataatattttacaaagtta  c.1341+720

         .         .         .         .         .         .  g.42147
agttgttcttattaatgcaggtcctcttgactttgttgactatgtccttctaccccttta  c.1341+780

         .         .         .         .         .         .  g.42207
ttgggtagtgatagaaggttagtctattctttggaagtcaagaactcaagaggcaattta  c.1341+840

         .         .         .         .         .         .  g.42267
tcagtgtcttcaggcattaatacccttgaacttcttagctaaaaatcagtttgttaaata  c.1341+900

         .         .         .         .         .         .  g.42327
gcctcaagcaatcaggataaatagaccaattttctgtaacctattacagtttggacattt  c.1341+960

         .         .         .         .         .         .  g.42387
attttaaaagtctcttattacataggctgtgatagttaaggcattttatttatctgaaat  c.1341+1020

         .         .         .         .         .         .  g.42447
ataacagctgggttcctaatgtcaaattggagaaaataggaaaaaaacccaagtgctttg  c.1341+1080

         .         .         .         .         .         .  g.42507
gaaatttctctgtatgatcattcttccattgaatcttaaaaattgtcattaaaagttttg  c.1341+1140

         .         .         .         .         .         .  g.42567
acaaatataaagtacctgctatgtgctagggttattctgagcactgggggcacagaagcc  c.1341+1200

         .         .         .         .         .         .  g.42627
aaaaaaaaaaaaaaaagtacaagcacaggggactaaattaaatatgtcatagccatataa  c.1341+1260

         .         .         .         .         .         .  g.42687
taatagagtagtagttaactacaaaaaacaagtgtgtacgaatattaaattacatcaaaa  c.1341+1320

         .         .         .         .         .         .  g.42747
gatattcatgaggtattctatgcagtaaagcagatgtagtagacttctgttatttttgat  c.1341+1380

         .         .         .         .         .         .  g.42807
gtttgtatccctttctccttcttttgatgatgctttcctttggggaattttcactccccc  c.1341+1440

         .         .         .         .         .         .  g.42867
atcccacaggatttggagatggagctgttaatccagatgcctctccacttttcccatgaa  c.1341+1500

         .         .         .         .         .         .  g.42927
agtagtctttttaatatttaaacaagttaattatctagattctcaaatttggtttgatgt  c.1341+1560

         .         .         .         .         .         .  g.42987
tcagtggaaaacctacaattttttttggcatgtcaagtaattggccaaaatttactttga  c.1341+1620

         .         .         .         .         .         .  g.43047
aggttgttgaaaatttctttgatttattttacattttagtgtcacttaaaagtgtaagtg  c.1341+1680

         .         .         .  g.43077
atgtctttgaaaatcgataggatggccata  c.1341+1710

--------------------- middle of intron ---------------------
                  g.43078               .         .           g.43106
                  c.1342-1709  gctcattgcagaatgaaccttgaaaggct  c.1342-1681

.         .         .         .         .         .           g.43166
gagcagatagactgaactgaaactgaaaacagaatggtaagagcttggaggcctgaggtt  c.1342-1621

.         .         .         .         .         .           g.43226
tggattcaaattcacaaatttgccttgaattttacccaaattagttaatgaagatcttta  c.1342-1561

.         .         .         .         .         .           g.43286
aaactgtttatgaatataggaattaatagtaaaatttcaataatcaaaatgttgtggtat  c.1342-1501

.         .         .         .         .         .           g.43346
ttgtaacatcatacagcaggtcaatacttatgcaaaaatcatagtgaaatgataataaat  c.1342-1441

.         .         .         .         .         .           g.43406
tgctactcctaaacttcataattatggattagttgtttggttttcacctgtaggtgaaac  c.1342-1381

.         .         .         .         .         .           g.43466
aattcaaatatattactccaaagtttatggagaatctatggaaaataccctgtaccttgt  c.1342-1321

.         .         .         .         .         .           g.43526
tatggaaaaatttcagtggacatatcaatcactgctgttttgtatctagttttatatttt  c.1342-1261

.         .         .         .         .         .           g.43586
tgtagggaaatagaagtagaatttaattaggcacacatgatgattatctgtgccaagaac  c.1342-1201

.         .         .         .         .         .           g.43646
tagctaattctctggctttcctattgggactgcctcttcccactgtcagtcatagattct  c.1342-1141

.         .         .         .         .         .           g.43706
agtgaaatataatctgaatataattatgaggctaaaaccaatatgtatgactctcataat  c.1342-1081

.         .         .         .         .         .           g.43766
ttgtttaaaaaatcaagataaatgattcaatattgtcaaggttttaactcttgccatatt  c.1342-1021

.         .         .         .         .         .           g.43826
aatttattaatttaatgcagtcctagtacaaagcaagtagactctgtgaagatttgtcca  c.1342-961

.         .         .         .         .         .           g.43886
atgattctaaagtttatttggaagagtaaacatttaggaaatctaaaaaataagagtaac  c.1342-901

.         .         .         .         .         .           g.43946
tataaatgaaaaataaagataagggaattctccttacctgagattaaaatgtattataga  c.1342-841

.         .         .         .         .         .           g.44006
atttcagtaattaacatgttgtggcattggcaacatcatatagtagatcggtagagcaga  c.1342-781

.         .         .         .         .         .           g.44066
atcaaagtttagagccagtaacaatttagtatatgttaaggatgaattttgaaaactgtg  c.1342-721

.         .         .         .         .         .           g.44126
tggagagaatctattattggaagagtggcccgttactaagaaaaaagaaaaaagatgtat  c.1342-661

.         .         .         .         .         .           g.44186
acgttttgctttacatccaaacaaattacgggtaattacagatttctatgtaagaagaaa  c.1342-601

.         .         .         .         .         .           g.44246
tagagcaaaaatataaataaatgtatatttttagagtggaaaaggcttttctatgagtga  c.1342-541

.         .         .         .         .         .           g.44306
catcaggaggtataacccatgaaagaaatggctgatttacattaaaatattgtatatggt  c.1342-481

.         .         .         .         .         .           g.44366
gcaaaaattataataagaaaagctaaaataaaaatcacgatgaaaaatattgtagcttac  c.1342-421

.         .         .         .         .         .           g.44426
aaaaaagttttcatagtataattacatttttctaataataaatcccccccatttgacaca  c.1342-361

.         .         .         .         .         .           g.44486
cacttggaacataaatgagtaactttactctctctatctctctttatttttcttgatatc  c.1342-301

.         .         .         .         .         .           g.44546
tttgtctctcttcctctttcccccactttagaaaaactttgaaagaataacatctaaatg  c.1342-241

.         .         .         .         .         .           g.44606
ttactggtattttatagttaaatggtggtattttggtgactttttatatgtaggcttctc  c.1342-181

.         .         .         .         .         .           g.44666
tgtattttctgaatgttctacaattaatttggactacccatataaataatttaagaaagt  c.1342-121

.         .         .         .         .         .           g.44726
agaataattcaggagtcaccaagttaacttaaaacataatgagttagaccaagcctattt  c.1342-61

.         .         .         .         .         .           g.44786
ctatgttcgtttgctagaataacatttggtgtgcttttcttttttcttttttttctttag  c.1342-1


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